民办公募基金会深圳壹基金公益基金会（下称壹基金）和“老牌”官办机构红十字会，在此次雅安地震中的表现引得社会广泛关注。

　　红十字会及其下设的红十字基金会，在过去的赈灾中是接收公众善款最为重要的机构之一。但经历了2011年“郭美美事件”后，红十字会及红十字基金会在中国民间的公信力遭到重创。
根据红十字总会提供给财新记者的材料，红十字会在发出救助呼吁书后，已收到企业和个人捐助的735万元。此外，台湾红十字组织捐款500万元，香港红十字会捐款100万元，澳门红十字会援助1000个家庭包。
红十字基金会方面，截至2013年4月21日上午10点30分，已经接收到了500万善款，其中40万来自个人捐赠，460万为企业捐赠。同时还有一些捐赠者表达了捐赠意向。
与之形成对比的是，大量公众捐款转向2011年1月11日正式转为公募基金会的壹基金。截至2012年4月20日24:00，共有超过23万人次的爱 心人士和企业，通过网络平台向壹基金联合救灾雅安专项救援捐赠1511万元。同时还有大量爱心人士确定了捐赠意向。壹基金传播部副总监姚遥介绍，壹基金将 在每天晚上更新捐赠数据向社会公示。
不过，在公众捐款涌向壹基金的同时，网络上也出现一些质疑的声音。一些网友发现，壹基金的英文官网介绍，其接收的善款要打入红十字会账户，“而中文官网却只字未提，却一再强调和红十字会的剥离。”
针对此，壹基金迅速作出回应，解释英文网站的内容乃是壹基金成立公募基金会以前的内容。姚遥表示，该英文网站事实上是上海壹基金的网页，在深圳壹基金 成立后，应予以关闭或修改，但由于他们的工作失误，未能更新或关闭。壹基金方面对此向公众致歉，并表示将对英文网站进行修改。
这一误会源于壹基金转型公募前与红十字会的复杂关系。最初的“壹基金”，是于2007年成立、挂靠在中国红十字会下的“壹基金计划”，通过红十字会接 受公众捐款。2008年，上海民政局又批准成立的上海壹基金，这是一个非公募基金会，作为壹基金计划执行机构。换句话说，上海壹基金若要向公众募款，需要 通过红十字会走账。而在2011年深圳壹基金正式成立后，便无需再借用红十字会的账户。
壹基金方面强调，基金会的公益项目均独立运作。李连杰也通过微博表示，“壹基金一定会尊重捐款人的整体意愿，专款专用于灾难救助和灾后重建”。
对于与红十字会的关系，李连杰表示，“没有当年中国红十字会的支持就没有壹基金今天的独立和成长。”他同时希望公众继续对红十字会的工作予以支持： “中国的公益慈善正走向越来越透明、公正、专业、可持续的发展道路。在这条路上，中国仅仅探索了十几年。……要允许任何一个公益组织在成长过程中出现技术 选择的偏颇。毕竟，红十字会在人类历史上做出过很多贡献。”
万科董事长王石亦在绿公司年会上表示，此番救灾仅仅依靠壹基金远远不够，“不因个别事件，失去去红十字会、传统民政系统震灾期间发挥作用的信任。”
作为国际红十字运动的成员，救灾工作乃是中国红十字会最为主要的业务之一。在长期的灾害救助工作中，红十字会建立了全国性的防备灾网络，不仅有相应的物资储备，更有一支专业的应急救援队伍。
此次雅安地震中，红十字会系统也在第一时间展开了救援行动。地震当天上午，即从成都备灾救灾中心调集第一批救灾物资启运灾区，十支省内救援队紧急奔赴灾区。
红十字基金会在地震发生后两个小时，也“已经紧急安排派遣前线救灾特派员，绕道自贡，赶往震中，了解地震灾情、参与紧急救援、调查救援救灾需求”。
截至4月21日11时，中国红十字会总会、各省（市、区）红十字会及港澳红十字会共计向灾区拨付款物合计1393.2534万元，其中救灾物资价值 833.2543万元，救灾款560万元。救灾物资包括家庭包10650个、棉被8180床、夹克衫5000件、棉衣2000件、毛毯2000条、帐篷 2584顶、矿泉水2300件、方便食品2500箱、床垫447个。各级红十字会还向灾区派遣应急救援队16支，共计317名队员、60台救援车辆。
针对网友在微博上对红十字会及其基金会会不友好的回复或谩骂，红十字总会方面表示可能会在紧急救援行动结束后有所回应。红十字基金会一位工作人员则表示，“大家还是看我们干的活吧。”